La bibliothèque s’est constituée de façon simultanée avec la communauté jésuite Saint Pierre Canisius depuis 1954. Le Père José De Wolf (1909-1972) en fut le maître d’œuvre. Professeur de littérature et de philosophie, préfet des études, directeur spirituel, il avait une grande expérience de l’animation des bibliothèques puisqu’il avait déjà développé à Bukavu une bibliothèque publique, Humanitas. Il devint en 1959 le premier instructeur du Troisième An de la Compagnie au Congo. Certains livres de la bibliothèque du Troisième an seront stockés à Canisius. Pendant 18 ans, le Père De Wolf sera responsable de la bibliothèque. Il va s’attacher à constituer une bibliothèque composée uniquement de nouveaux livres. Progressivement y seront intégrés des livres plus anciens, dont ceux de la bibliothèque « française » des anciens élèves du collège Saint Jean-Berchmans (ancien Saint-Michel) de Bruxelles. A l’origine, il y avait deux bibliothèques distinctes, qui fusionneront ensuite, vers 1980. Celle des pères, réservée aux formateurs, occupait le rez-de-chaussée et le premier étage du bâtiment principal de Canisius – le plus ancien, bâti sur le modèle du grand séminaire de Mayidi, dans le Bas-Congo. Pour les jésuites, la bibliothèque occupait le deuxième étage du même bâtiment. Plusieurs directeurs se sont succédé à la bibliothèque depuis 1954. En 2003, la bibliothèque fut dotée d’un système informatique. Les deux-tiers des 100.000 ouvrages sont listés sur un catalogue informatique mis à la disposition des lecteurs, qui savent en temps réel si un ouvrage est disponible ou non. La gestion des emprunts se fait aussi par ordinateur, comme celle des abonnements des lecteurs externes. Le tout se fait par un système de réseau permettant la consultation « online » sur quatre stations de travail, avec l’accès à l’internet. La bibliothèque accueille désormais de nombreux lecteurs externes ne trouvant nulle part ailleurs les ouvrages de références de leurs études, qu’il s’agisse de droit, de sciences politiques, de communication, de médecine, etc. L’acquisition des ouvrages n’est pas minime : chaque année, environ un millier de nouveaux ouvrages sont acquis par la bibliothèque, par achat (300), par don (600), par dépôt de la revue Telema recevant des ouvrages pour recension (100). Les dons proviennent des particuliers, mais aussi d’institutions européennes voulant participer au développement de la bibliothèque. C’est ainsi qu’une centaine de livres de droit et une centaine de livres de médecine sont venus enrichir les rayons de la bibliothèque en 2002.